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總機構匯總計算總分機構應交增值稅額,扣除分支機構按規定就地計算繳納的增值稅后，在總機構所在地解繳入庫。
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總機構匯總計算應納稅額=總機構匯總的銷項稅額-總機構匯總的進項稅額。
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總機構當期應補（退）稅額＝總機構當期應納稅額－ 當期分支機構已繳納的增值稅稅額（包括預繳和補繳的增值稅稅款）。
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分支機構年度清算的應納稅額＝（分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的年度銷售額÷總機構匯總的年度銷售額）×總機構匯總的年度應納稅額。
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分支機構發生《應稅服務范圍注釋》業務應繳納的增值稅＝應征增值稅銷售額×預征率。
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試點納稅人總分機構增值稅匯總計算繳納辦法
講師：卜士波
納稅地點特殊性：
自2014年1月1日起，屬于固定業戶的試點納稅人，總分支機構不在同一縣、市的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。
稅款繳納的特殊性：
總機構匯總計算總分機構應交增值稅額，扣除分支機構按規定規定就地計算繳納的增值稅后，在總機構所在地解繳入庫。
經財政部門和國家稅務局批準的總分機構：
不在同一縣，但在同一省的由省級批準；
不在同一縣，并且跨省、自治區、直轄市的由國家財政部、國家稅務總局批準。
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納稅申報
征收管理
1、總機構及其分支機構，一律由機構所在地主管國稅機關認定為增值稅一般納稅人。
2、總機構應當在開具增值稅專用發票的次月申報期結束前向主管稅務機關報稅。
3、總機構及其分支機構取得的增值稅扣稅憑證，應當按照有關規定到主管國稅機關辦理認證或者申請稽核比對。
4、分支機構所在地主管稅務機關應定期對其納稅情況進行檢查。
分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務申報不實的，就地按適用稅率全額補征增值稅主管稅務機關應將檢查情況及結果發函通知總機構所在要主管國稅機關。
5、總機構的增值稅納稅期限為一個季度。
6、分支機構，應按月將當月《應稅服務范圍注釋》所列業務的應征增值稅銷售額、進項稅額和已繳納的增值稅稅額歸集匯總，填寫《航空運輸企業分支機構傳遞單》，報送主管國稅機關簽章確認后，于次月10日前傳遞給總機構。
7、分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務當期已預繳的增值稅款，在總機構當期增值稅應納稅額中抵減不完的，可以結轉下期繼續抵減。
8、年度終了后25個工作日內，總機構應當計算分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務年度清算的應納稅額，并向主管稅務機關報送《——年度航空運輸企業年度清算表》；年度終了后40個工作日內，總機構主管稅務機關應將《——年度航空運輸企業年度清算表》逐級報送國家稅務總局。
9、分支機構年度清算的應納稅額小于分支機構已預繳稅額，且差額較大的，由國家稅務總局通知分支機構所在地的省稅務機關，在一定時期內暫停分支機構預繳增值稅。
分支機構年度清算的應納稅額大于分支機構已預繳稅額，差額部分由國家稅務總局通知分支機構所在地的省稅務機關，在分支機構預繳增值稅時一并補繳入庫。
10、總機構及其分支機構的其他增值稅涉稅事項，按照《試點實施辦法》及現行增值稅有關政策執行。
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